La reforma interna de la Iglesia debía perseguir tres finalidades:
– Fijar la doctrina católica frente a las conclusiones de los protestantes. Para ello se convocó el Concilio de Trento.
– Oponerse a la difusión del protestantismo. A esto contribuyó las nuevas órdenes religiosas como los Teatinos, las Escuelas Pías, la Congregación del Oratorio y es especialmente la Compañía de Jesús.
– Castigar a los herejes mediante la reorganización de la Inquisición.